Comment organiser du travail ?

Pour un travail simple tout peut être (et doit) être dans un seul fichier. Pour un travail plus complexe ce fichier deviendrait trop lourd, illisible. De plus, si le travail produit plusieurs documents (un rapport intermédiaire, un final, etc.) avoir un en-tête commun permet d’uniformiser les sorties (police, page de titre, etc.)

On aura typiquement trois voire quatre fichiers :

1. un contenant l’en-tête, écrit principalement en yaml (voir l’en-tête) ;

2. un document (_quarto.yml) avec le code LaTeX présent dans l’en-tête. Uniquement si ce code est long, sinon il prend place directement dans l’en-tête en yaml ;

3. un fichier R contenant l’import ainsi que la mise en forme des données qui pourra servir pour plusieurs documents ;

4. le ou les documents de travail eux-mêmes en Quarto, allégés de l’en-tête et de la mise en forme des données.

1.  Import

Prenons le cas de données dans un fichier .csv. Le travail va consister à les importer, mettre en forme les titres mais aussi certaines variables puis exporter le résultat en format Rdata pour pouvoir l’utiliser dans les divers documents.

import <- function() {
library(tidyverse)
library(janitor)
...
tt <- read.csv("datas/mesdonnees.csv") |>
    clean_names() |>
...
save(tt, file = "datas/mesdonnees.Rdata")
}

Ensuite, dans chaque document, on écrira dans un premier chunk :

load("datas/mesdonnees.Rdata")

2.  Dossier de travail

Votre dossier de travail (ou projet) pourrait ressembler à ceci :

monprojet/
├── docs/
│   ├── projet.pdf
│   └── liste_variables.pdf
├── datas/
│   ├── mesdonnees.csv
│   ├── mesdonnees.Rdata
│   └── reserve
│        └──mesdonnees.xlsx
├── _quarto.yml
├── mesreglages.tex
├── rapport.qmd
└── rapport2.qmd