Comment présenter des séquences nucléiques ou protéiques ?#
1. Alignements de séquences#
L’extension TeXshade, d’Eric Beitz, permet de présenter des alignements multiples de séquences nucléiques ou protéiques. Vous devez avoir réalisé l’alignement auparavant, et préparer un fichier ALN, MSA ou Fasta (aligné). Si les séquence sont longues, cette extension peut les représenter de façon graphique, par des motifs colorés (fingerprints) au lieu d’afficher chaque résidu.
À faire
Donner un exemple concret, y compris la procédure d’alignement.
Si votre alignement est de taille conséquente, l’utilisation
de TeXshade nécessitera que vous augmentiez les paramètres
main_memory et stack_size dans le fichier texmf.cnf.
2. Autres représentations de séquences biologiques#
2.1. Avec l’extension pgfmolbio#
L’extension pgfmolbio propose de représenter :
des chromatogrammes (type séquençage Sanger) ;
des domaines le long d’une séquence.
%!TEX engine=lualatex
\documentclass{article}
\usepackage[domains]{pgfmolbio}
\usetikzlibrary{decorations.pathreplacing}
\pagestyle{empty}
\begin{document}
\Large
\begin{pmbdomains}[name=Bidulase \TeX ique]{101}
\addfeature[description={\TeX}]{domain}{10}{25}
\addfeature[description={\LaTeX}]{domain}{40}{70}
\addfeature[description=Région 1]{range}{15}{30}
\addfeature[description=Région 2]{range}{25}{60}
\addfeature[description=Et la fin,%
style={very thick, draw=red},%
range font=\footnotesize\textcolor{red}]{range}{68}{86}
\end{pmbdomains}
\end{document}
Vous pourrez noter que l’extension demande d’utiliser luaLaTeX. La documentation de l’extension propose toutefois une méthode pour pouvoir intégrer ses graphiques dans des fichiers de moteurs LaTeX plus anciens.
2.2. Avec l’extension TeXtopo#
L’extension TeXtopo permet de dessiner la structure secondaire d’une protéine et son repliement en structures transmembranaires.
À faire
Ajouter un exemple.