Quelles sont les généralités à connaître ?

1.  Quel éditeur de texte utiliser ?

Le gros du travail va se faire les chunks R (débogage, etc.) donc les éditeurs dédiés LaTeX ne sont pas adaptés. Trois solutions sont possibles, de la plus simple à la plus complexe :

1.1.  RStudio

L’éditeur dédié à R le plus utilisé dans le monde. Quarto est parfaitement intégré. De nombreuses fonctions sont utilisables à la souris, des add-ons sont possibles mais la fenêtre d’édition de texte est basique.

Gratuit (dans sa version monoposte), tourne sur tous les OS. Je le conseille pour débuter.

1.2.  Visual Studio Code

La configuration est lourde (plusieurs extension à installer) mais l’environnement est moderne, l’éditeur de texte stricto sensu meilleur que celui de RStudio.

1.3.  Emacs

Faire tourner deux langages en même temps dans le même buffer est un défi pour Emacs. Il vous faudra au minimum les packages ESS (pour utiliser R), AUCTeX (pour LaTeX) et polymode (pour faire cohabiter les deux). La configuration est lourde, aucune aide pour gérer un projet avec de multiples fichiers comme un package. Mais le meilleur éditeur de texte.